De origem indígena, Aiquara quer dizer caminho da toca (a cidade ficava na passagem para um lugarejo chamado Toca Bonita).
Até 1915, a área em que hoje é a cidade de Aiquara era uma pequena propriedade rural (Preguiça), pertencente a Honorato José dos Santos. Em 1916 chegaram a Preguiça algumas pessoas em busca de novos mercados de trabalho, atraídas pela fertilidade do solo. O proprietário das terras doou partes da fazenda para construção de casas para os recém-chegados, iniciando um povoamento. Mais tarde, essas terras passaram para o domínio público com o nome de Arraial da Conceição. O aumento do número de moradores e a construção de casas residenciais e comerciais fez com que houvesse um plebiscito, em 1924, para mudar o nome local. O resultado foi o desaparecimento do antigo Arraial da Conceição e a aprovação do novo nome.
Como povoado, Aiquara pertenceu à jurisdição de Itajurú (antigo Rio Branco, município de Jequié) até 1932. Através do Decreto n.º 8.143 de 8 de setembro daquele ano, passou a categoria de Distrito, estando subordinado diretamente ao município de Jequié. Em março de 1933 teve instalado o seu cartório de paz.
A emancipação política de Aiquara foi fixada pela Lei Estadual nº. 1.588, de 12 de abril de 1962.
Área da unidade territorial (KM²): 159,691
População (Senso IBGE 2010): 4.602 habitantes
Distância da capital: 402 KM
Microregião de Jequié
Atividades econômicas: Agricultura e pecuária
